سید مصطفی در آذر 1309 شمسی، در قم متولد شد. و تحصیلات ابتدایی رادر مدرسه های «باقریه» و «سنایی» به پایان رساند. سپس، به تحصیل علوم اسلامی پرداخت و در سال 1330، سطح را به پایان رسانید و در درس خارج امام قدس سره و آیت الله بروجردی قدس سره حضور یافت و دیری نپایید که به درجه ی اجتهاد رسید و از تقلید بی نیاز شد. از دیگر اساتید او در علوم اسلامی، علاّمه طباطبایی، آیات عظام داماد، شیخ مرتضی حائری، سید محمد باقر سلطانی، شهید صدوقی، حاج شیخ محمد جواد قزوینی و سید ابوالحسن قزوینی هستند.

دوران مبارزات

شهید در سال 1341، همراه با امام قدس سره به مبارزه با رژیم برخاست و در پیشبرد نهضت اسلامی نقش به سزایی ایفا کرد. در سال 1342، در دورانی که امام قدس سره در قیطریه ی تهران زیر نظر بودند، رییس وقت شهربانی کل کشور (سپهبد نصیری) او را به شهربانی جلب و هشدار داد که اگر از فعالیت های سیاسی و مبارزاتی دست نکشد، تحت پیگرد قرار می گیرد. امام قدس سره در روز چهارم آبان 1343، علیه لایحه کاپیتولاسیون سخنرانی کردند و در این سخنرانی، ضمن برملا کردن خیانت رژیم در تصویب این لایحه، تکلیف خود و ملت ایران را با رژیم های امریکا، اسرائیل و همچنین با دست نشانده ی آنان، محمدرضا پهلوی یکسره کردند. در تاریخ 13 آبان همان سال امام قدس سره را شبانه دستگیر و به ترکیه تبعید کردند. حاج سید مصطفی از این وحشیگری رژیم که نمونه ی آن را نیز به چشم دیده بود، سخت بر آشفت و به خیابان آمد و با سیل خروشان مردم خشمناک قم به طرف بیوت آیات عظام به راه افتاد و همگام با مردم قهرمان قم با فریاد اعتراض خویش، جوّ رعب و وحشت را شکست و از مراجع وقت خواستار اقدام برای آزادی امام قدس سره شد. ساواک دستور جلب ایشان را به شهربانی قم صادر کرد. مأموران رژیم زمانی که حاج آقا مصطفی در بیتِ آیت الله العظمی مرعشی نجفی قدس سره به گفتگو با ایشان مشغول بود، یورش بردند و ایشان را دستگیر کردند و مدت 57 روز در زندان قزل قلعه و اغلب در سلول انفرادی زندانی کردند. در تاریخ 8 دی 1343، از زندان آزاد و در 13 دی که تنها پنچ روز از آزادی او می گذشت، به دنبال استقبال چشمگیر مردم از آن عالم مجاهد، مأموران رژیم به خانه ی او در قم یورش بردند و بار دیگر او را دستگیر نمودند. این یورش وحشیانه مایه ی بیم و هراس همسر آن بزرگوار و سقط جنین او گردید. سرانجام نیز روز 14 دی او را از ایران به ترکیه تبعید کردند.

تبعید به عراق(نجف اشرف)

در 13 مهر 1344، امام قدس سر ه و فرزندش از ترکیه به عراق برده شدند و روز 23 مهر 1344، در نجف سکونت گزیده و بی درنگ درس و بحث را آغاز کردند و حاج آقا مصطفی افزون بر حضور در درس امام قدس سره، شخصاً به تدریس پرداخته و شاگردان فاضلی پرورش دادند.

آیت الله سید مصطفی در کنار برنامه های درسی و علمی، با راه ها و شیوه های نوینی، مبارزه با شاه را دنبال کرد و مشاوری برجسته و متعهد برای امام قدس سره بود. در 21 خرداد 1348، به دنبال یک سلسله فعالیت ها و کوشش هایی در راه برانگیختن آیت الله حکیم قدس سره علیه رژیم ضدّ اسلامی عراق، بعثی ها او را دستگیر و به بغداد بردند. رییس جمهور آن روز عراق (احمد حسن البکر) به وی هشدار داد در صورت ادامه ی فعالیت بر ضدّ حکام بغداد، با واکنش شدیدی روبرو خواهد شد.

شهادت

آیت الله سید مصطفی خمینی، در نیمه ی شب یکشنبه اول آبان 1356، به شکل مرموزانه ای به شهادت رسید. در پی شهادت او، امام قدس سره در یادداشتی چنین مرقوم کردند:

بسمه تعالی

انا لله و نا الیه راجعون

در روز یکشنبه نهم شهر ذی القعدة الحرام 1397، مصطفی خمینی نور بصرم و مهجه ی قلبم دار فانی را وداع کرد و به جوار رحمت حق تعالی رهسپار شد.

اللهم ارحمه و اغفر له و اسکنه الجنّة بحقّ اولیائک الطّاهرین علیهم الصّلوة و السّلام.

 با انتشار خبر، حوزه ی نجف در هاله ای از غم و اندوه فرو رفت. درس ها تعطیل شد و روحانیت به سوگ نشست. جنازه آن شهید توسط یاران و شاگردان او به کربلا برده شد. در این مراسم جمعیت انبوهی شرکت کردند و جنازه را با آب فرات غسل داده و در محل خیمه گاه امام حسین علیه السلام کفن کردند و پس از طواف در حرم مطهر حضرت سید الشهداء علیه اسلام و حضرت عباس علیه السلام، به نجف بازگرداندند و روز بعد جنازه ی آن شهید از مسجد بهبهانی (واقع در بیرون دروازه ی نجف) با شرکت انبوهی از علما، فضلا، طلاب، کسبه، اصناف و دیگر اهالی نجف به طرف صحن مطهر علوی تشییع شد. امام قدس سره در مسجد بهبهانی حضور یافت و پس از توقفی کوتاه و خواندن فاتحه، با قامتی استوار به خانه بازگشت و در مراسم تشییع و خاکسپاری شرکت نکرد. در هنگان تشییع جنازه، بازار نجف یکپارچه تعطیل شد. آیت الله خویی قدس سره در صحن مطهر امام علی علیه السلام، بر جنازه ی شهید نماز خواند و در کنار مقبره ی علامه حلی قدس سره به خاک سپرده شد.

شب هنگام امام خمینی قدس سره پس از زیارت حرم مطهر حضرت علی علیه السلام به سراغ فرزند عارف، عالم و مجاهد که در دل خاک آرمیده بود، رفت و با چهره ای باز و آرام نخست برای یکایک عالمانی که در آن مقبره دفن شده اند، اعلام قرائت فاتحه کردند و در پایان، از حاضران خواستند برای مصطفایش طلب مغفرت کنند و در آن لحظه که همه ی چشم ها اشک ریزان بود، امام قدس سره از سر قبر فرزندش برخاست و بدون کوچکتری آزردگی و گرفتگی از حاضران تشکر کرد و از آن جا بیرون رفت.

تأثیر شهادت آیت الله بر نهضت اسلامی

این شهادت، نهضت اسلامی پانزده ساله ی ایران را جان تازه ای بخشید، به گونه ای که یکباره فراگیر و به شکل انقلابی طوفان زا و کاخ برانداز در آمد.

البته شناخت و بررسی انگیزه ها و علل پیروزی انقلاب به مطالعات و تحقیقات گسترده ای نیاز دارد، اما به شکل کوتاه و گذرا علل و عوامل فراگیری نهضت امام قدس سره، در پی شهادت حاج سید مصطفی را می توان این گونه بر شمرد:

1- برگزاری مراسم بزرگداشت در بیشتر نقاط کشور: اصحاب مسجد و محراب در پی دریافت خبر شهادت مظلومانه ی مجتهدی که مایه ی امید برای اسلام و ایران بود،  سخت به خشم آمدند و نتیجه گیری کردند که رژیم شاه با دست زدن به این جنایت،انتقام کینه توزانه ای از امام قدس سره، آن هم در دیار غربت و در تبعید گرفته است. از این رو مصمم شدند که دستکم با برپایی مراسم سوگواری با رهبر و امام امت همدردی کنند. رژیم شاه برای آن که خود را بی طرف وانمود کند، از برپایی مراسم جلوگیری نکرد و کوشید که خود را بی تفاوت بنمایاند. کارشناسان رژیم می پنداشتند شور و هیجانی که کشور را فرا گرفته، به دنبال برپایی مراسم فروکش می کند و این مراسم سوپاپ اطمینانی است که از انفجار پیشگیری خواهد کرد! غافل از ان که این مراسم با آن گستردگی مایه ی آگاهی، رشد سیاسی و جرأت و جسارت بیشتر مردم و هر چه فروزان تر شدن آتش خشم و قهر آنان خواهند شد، خشم و خروشی که کنترل ناشدنی است و مراسم بزرگداشت تا چهلم شهادت او به طور پیوسته در استان ها، شهرها و شهرستان ها تداوم یافت. در این مجالس گویندگان مذهبی و مجاهدان روحانی با بهره گیری از فرصت به دست آمده در تببین خط و اندیشه ی امام قدس سره و نمایاندن هرچه بیشتر ماهیت ضدّ اسلامی شاه و انگیختن توده ها بر ضدّ هیأت حاکمه ی خود کامه و وابسته به بیگانه، داد سخن دادند و با آوردن نام خمینی، آفریننده ی حماسه ها، شورش ها و خیزش ها، چهره ی جامعه را دگرگون کردند . از روز اول آبان ماه 1356، یکباره نام و یاد امام قدس سره در فضای پهناور ایران طنین افکندو شور و شوق نوینی در دل ها پدید آورد.

2- به صحنه آمدن مردم: ملت در طی نهضت اسلامی ایران در سنگر مسجد رشد سیاسی و آگاهی دینی بایسته ای یافته و به اسلام ناب محمدی تا اندازه ای شناخت پیدا کرده بودند و برای دست زدن به خیزشی همگانی، آمادگی کامل داشتند. برگزاری مراسم بزرگداشت، این مجال را به مردم داد تا آنچه را که در مکتب انقلابی اسلام آموخته بودند به کار بندند و نفرت و بیزاری خود را از رژیم شاه اعلام کنند. مردم در این مراسم تنها به اظهار وفاداری و ابراز احساسات نسبت به امام قدس سره بسنده نکردند، بلکه با دست زدن به تظاهرات خیابانی و درگیری با پلیس، زمینه ی فراگیری انقلاب اسلامی را فراهم کردند. قیام خونین 19 دی 1356، در واقع اوج این تظاهرات و راه پیمایی مردمی بود.

3- رهبری های داهیانه ی امام قدس سره: از سال 1341، که نهضت اسلامی آغاز شد، امام قدس سره همواره با راهنمایی ها و رهنمودهای سازنده و حیات بخش خود، ملت ایران را به سوی نور و روشنایی و حرکت و خروش پیش می بردند و به آنان آگاهی و بینش می دادند. این رسالت را در تبعیدگاه ترکیه و نجف نیز پی گرفتند. در ترکیه با نگارش کتاب تحریرالوسیله و آوردن یک سلسله احکام سیاسی  و انقلابی اسلام در این کتاب، راه مبارزه، حرکت و خیزش را به ملت های مسلمان نشان دادند. در نجف نیز با تدریس و بخصوص بحث ولایت فقیه یا حکومت اسلامی و با اعلامیه ها و سخنرانی های خود در فرصت های مناسب، نهضت اسلامی را تداوم بخشیدند و به رشد سیاسی مردم کمک کردند. در آن برهه ی حساس که ملت ایران از شهادت آیت الله سید مصطفی، خشمگین بودند، امام قدس سره دریافتند که اجتماعات بزرگی در نقاط مختلف کشور به این مناسب برپاست و گرم نگه داشتن این اجتماعات وبهره گیری شایسته از آن تنها با رهبری های حکیمانه امکان پذیر است. از این رو با یک سلسله اعلامیه ها و سخنرانی ها کوشیدند، این اجتماعات بزرگ سیاسی را گسترش دهند و با مغتنم شمردن فرصت پیش آمده، نگذارند مشعلی که با شهادت فرزندشان فروزان شده به خاموشی گراید.

4- اتحادو یگانگی: با این شهادت اتحاد چشمگیر و کم نظیری در ملت پدید آمد. عموم مردم، روحانیون، دانشگاهیان، سازمان ها و گروه های سیاسی و ...، یکپارچه پشت سر امام قدس سره به حرکت در آمدند که این خود از مهمترین عوامل در پیروزی انقلاب است.

پیام امام خمینی قدس سره

امام قدس سره در پیامی خطاب به ملت ایران، فرمودند:

این طور قضایا مهم نیست، خیلی پیش می آید، برای همه ی مردم پیش می آید و خداوند تبارک و تعالی الطافی دارد به ظاهر و الطافی خفیه است. یک الطاف خفیه ای خدای تبارک و تعالی دارد که ما علم به آن نداریم اطلاعی بر او نداریم، و چون ناقص هستیم از حیث علم، از حیث عمل از هر جهتی ناقص هستیم. از این جهت در این طور اموری که پیش می آید جزع و فزع می کنیم، صبر نمی کنیم، این برای نقصان معرفت ماست به مقام باری تعالی. اگر اطلاع داشتیم از آن الطاف خفیه ای که خدای تبارک و تعالی نسبت به عبادش دارد و «انه لطیف علی العباد» و اطلاع بر آن مسایل داشتیم، در این طور چیزهایی که جزیی است و مهم نیست، آن قدر بی طاقت نبودیم، می فهمیدیم که مصالحی در کار است، یک الطافی در کار است، یک تربیت هایی در کار است.

تألیفات شهید

شهید دارای آثار و تألیفات زیادی است که این آثار نشانگر عظمت علمی و فکری است. در این خصوص مرحوم حجت الاسلام و المسلمین سید احمد خمینی قدس سره می گویند: «اجازه بفرمایید در این مورد مقدمه ای عرض کنم و آن این است که معمولاً افراد در بازدهی علمی و اجتماعی و یا تخصصی خودشان نیازمند به طی مراحلی هستند که بعد از آن مراحل می توانند تز و یا اجتهاد خود را در معرض بهره برداری دیگران قرار دهند که متأسفانه ایشان، پس از اتمام مراحل لازم و در آغاز تقریر و بیان نظریات علمی و اجتهادی خود به شهادت می رسد و در عین حال کتابهایی از ایشان باقی مانده است...»

تألیفات آن مرحوم عبارتند از:

1- القواعد الحکمیه (حاشیه بر اسفار که مخطوط می باشد).

2- کتاب البیع (دوره ی کامل مباحث استدلالی بیع در سه جلد).

3- تحریرات فی الاصول (از اول اصول تا استصحاب تعلیقی).

4- شرح زندگانی ائمه معصومین علیها السلام تا زندگانی امام حسین علیه السلام.

5- مستند تحریر الوسیله.

6- تعلیقه ای بر عروة الوثقی.

7- تفسیر قرآن الکریم در سه جلد.

8- مبحث اجاره.

9- کتاب الاصول.

10- القواعد الرجالیه.

11- کتابی در مبحث نکاح.

نیز دو کتاب «قاعده لاتعاد» در 180 صفحه و «مکاسب محرمه» در 420 صفحه که به هنگام اقامت در ترکیه نوشته است.